本込線
概要
予子山本線のうち、北都から本込までは州都エリアの通勤路線の1つであり、「本込線」（もとごめせん）と呼ばれています。同区間は列車の運転本数が非常に多く、貨物線などを合わせると4複線（線路が8本）以上になっているところもあります。緩行列車は一部が地下鉄辻町線に直通しています。
本込線の線路には、緩行線、快速線、本町線、列車線、新本線があります。
本込線は北都～本込（60kmほど）。正式には予子山本線の一部です。
緩行線
緩行線の整備区間は、本込線北端の北都から南宿まで。緩行線では、Y500系による10両編成の各駅停車が毎時15本以上運転されています。
田場橋以北（都心方面）で地下鉄辻町線に直通する列車もあります。辻町線は、田場橋側で本込緩行線・南東緩行線と、港東側で地下鉄大殿町線と直通しています。
快速線
本込線のメインの線路が快速線です。各駅停車は緩行線に、長距離列車は新本線や本町線に、多くの貨物列車は列車線などに分離が進められたものの、現在でも幹線らしくさまざまな列車が走っています。北都で、永予大橋線にそのままつながっています。
快速線を走る快速列車はおもに北都～北本込で運転され、使用車両はY500系12両編成。8＋4に分割可能な編成もあります。田ノ岡で州鉄田ノ岡線に直通する列車も設定されています。
また、同区間ではY600系0・400番台 10連による特別快速も運転されています。停車駅などは新本線の新快速とよく似ていて、今後 新本線の延長や門場町～新都の配線改良を行ったのち新本線での運行に移す予定です。
本町線
本込線から予子山駅「本町ターミナル」に入るための線路です。土地や線路容量の関係から本町ターミナル～南予子山信号場で建設され、ほとんどが地下トンネルになっています。
予子山駅北ターミナル3階にはこれ以上ホームや線路を増設する余裕がなく、このため上層の5階部分に15～18番線を増設する計画が立てられてきました。しかし、それでも将来容量が足りなくなることは明白で、長距離列車などの停車するホームを分離し、北ターミナルの南側に設けることになりました。こうして完成したのが本町ターミナルで、現在は各方面の路線との間に連絡線が設けられて、多くの長距離列車が発着しています。
列車線
南予子山信号場～本込で整備された、貨物列車や特急列車が使用する線路です。
南予子山信号場で外環線へ通じる長い連絡線が分岐します。また、南予子山信号場からは予子山駅本町ターミナルへ向かう、いわゆる「本町線」（前述）が伸び、特急列車などはこちらへ入ります。
新本線
本込線・特別快速や快速の需要増に対応し、各方面から長距離列車が乗り入れる予子山本線に余裕を持たせるため、予子山～南宿の線路上に新しく高架複線を建設しました。これがいわゆる「新本線」で、Y470系による新快速アーバン・ウインドや急行列車が走行しています。路線最高速度は140km/hです。予子山駅北ターミナル5階の16・17番線に乗り入れます。